本課題組主要從事重要傳染病的病原學(xué)研究，以基因組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)等各種“組學(xué)”技(jì )術和生物(wù)信息學(xué)、免疫學(xué)等為(wèi)基礎平台，圍繞紅色毛癬菌和和耳念珠菌等緻病真菌、結核分(fēn)枝杆菌以及引起新(xīn)發和突發呼吸道傳染病的病毒，重點開展病原體(tǐ)緻病和耐藥機制、分(fēn)子流行特征、新(xīn)型分(fēn)子診斷标識、新(xīn)型診斷和檢測技(jì )術以及全人源化單克隆抗體(tǐ)等研發。

本課題組人員曾主持過國(guó)家“863計劃”、“973計劃”（首席科(kē)學(xué)家）、國(guó)家科(kē)技(jì )重大專項、國(guó)家自然基金委重點項目以及中(zhōng)國(guó)醫(yī)學(xué)科(kē)學(xué)院醫(yī)學(xué)與健康科(kē)技(jì )創新(xīn)工(gōng)程等多(duō)項重大科(kē)研項目，在《Lancet》、《Lancet Infect Dis.》、《Cell》、《Cell Host & Microbe》、《Nat Commun.》、《Eur Respir J.》、《Nucleic Acids Res.》、《Microbiome》、《Proc Natl Acad Sci USA.》和《Mol Cell Proteomics》等SCI收錄期刊發表論文(wén)數百篇，申請和獲得授權國(guó)家發明專利數十項，培養碩士、博士研究生和博士後數十名(míng)。以本課題組人員為(wèi)主要貢獻者先後榮獲國(guó)家自然科(kē)學(xué)獎、國(guó)家科(kē)學(xué)技(jì )術進步獎、中(zhōng)華醫(yī)學(xué)科(kē)技(jì )獎、教育部科(kē)技(jì )進步獎、中(zhōng)國(guó)防痨協會科(kē)學(xué)技(jì )術獎、華夏醫(yī)學(xué)科(kē)技(jì )獎和北京市科(kē)學(xué)技(jì )術進步獎等多(duō)項科(kē)技(jì )獎勵。