楊劍，男，博士，研究員，先後畢業于南京大學(xué)和中(zhōng)國(guó)科(kē)學(xué)院生物(wù)物(wù)理(lǐ)研究所，現任中(zhōng)國(guó)醫(yī)學(xué)科(kē)學(xué)院病原生物(wù)學(xué)研究所課題組長(cháng)。長(cháng)期在國(guó)内從事微生物(wù)基因組學(xué)相關的生物(wù)信息學(xué)研究，通過大數據整合與挖掘、設計通用(yòng)分(fēn)類方案、開發在線(xiàn)識别系統和卷積神經網絡模型等，成功建立國(guó)際上最大的病原細菌毒力因子數據平台，并揭示了細胞外可(kě)伸縮注射系統和毒素複合體(tǐ)等多(duō)種毒力因子的遺傳多(duō)樣性和結核分(fēn)枝杆菌的耐藥性特征，通過生物(wù)信息學(xué)探索推動了相關病原菌的緻病和耐藥機制研究。同時，面向新(xīn)發傳染病防控重大需求，在國(guó)際上最早探索基于宏基因組的病原體(tǐ)高通量篩查數據挖掘新(xīn)方法，并建立了全球首個重要疫源生物(wù)相關病毒數據平台，參與近年來的多(duō)次重大疫情相關病原體(tǐ)鑒定和數據分(fēn)析，為(wèi)我國(guó)新(xīn)發傳染病疫情防控能(néng)力提升貢獻了力量。2009年入選北京市科(kē)技(jì )新(xīn)星，2016年榮獲中(zhōng)華醫(yī)學(xué)科(kē)技(jì )獎二等獎（排名(míng)第三）。曾先後主持承擔國(guó)家自然科(kē)學(xué)基金、國(guó)家973計劃、國(guó)家重點研發計劃和國(guó)家科(kē)技(jì )基礎資源調查專項等多(duō)項科(kē)研項目。作(zuò)為(wèi)第一或通信作(zuò)者（含并列）在Nucleic Acids Research、Nature Microbiology、Science Advances、Cell Reports、Bioinformatics等國(guó)際期刊發表SCI論文(wén)三十餘篇，累計被同行引用(yòng)超過四千次，H指數20。其中(zhōng)三篇論文(wén)位列ESI高被引論文(wén)，并有(yǒu)一篇入選“2019年中(zhōng)國(guó)百篇最具(jù)影響國(guó)際學(xué)術論文(wén)”。

病原微生物(wù)基因組學(xué)數據整合與挖掘

2022.10-2025.9，國(guó)家科(kē)技(jì )基礎資源調查專項項目，中(zhōng)國(guó)熱帶及亞熱帶生态圈主要疫源生物(wù)攜帶病毒資源調查，2022FY100900，項目負責人

2020.1-2023.12，國(guó)家自然科(kē)學(xué)基金面上項目，基于深度學(xué)習的病原菌毒力因子識别和預測，31970635，課題負責人

2016.7-2018.12，國(guó)家重點研發計劃“生物(wù)安(ān)全關鍵技(jì )術研發”專項非公(gōng)開項目，課題負責人

2009.1-2013.8，國(guó)家973計劃課題，重要緻病性腸杆菌微進化的研究，2009CB522603，課題負責人

1、Yan MY*, Zheng D*, Li SS*, Ding XY, Wang CL, Guo XP, Zhan L, Jin Q#, Yang J#, Sun YC#, Application of combined CRISPR screening for genetic and chemical-genetic interaction profiling in Mycobacterium tuberculosis. Sci Adv. 2022. 8(47): eadd5907.

2、Liu B*, Zheng D*, Zhou S, Chen L#, Yang J#, VFDB 2022: a general classification scheme for bacterial virulence factors. Nucleic Acids Res. 2022. 50(D1): D912-7.

3、Zhou S*, Liu B*, Han Y, Wang Y, Chen L#, Wu Z#, Yang J#, ZOVER: the database of zoonotic and vector-borne viruses. Nucleic Acids Res. 2022. 50(D1): D943-9.

4、Song N*, Chen L*, Zhou Z*, Ren X, Liu B, Zhou S, Wang C, Wu Y, Waterfield NR, Yang J#, Yang G#, Genome-wide dissection reveals diverse pathogenic roles of bacterial Tc toxins. PLoS Pathog. 2021. 17(2): e1009102.

5、Zheng D*, Pang G*, Liu B, Chen L, Yang J#, Learning transferable deep convolutional neural networks for the classification of bacterial virulence factors. Bioinformatics. 2020. 36(12): 3693-702.

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7、Liu B, Zheng D, Jin Q, Chen L#, Yang J#, VFDB 2019: a comparative pathogenomic platform with an interactive web interface. Nucleic Acids Res. 2019. 47(D1): D687-92.

8、Hicks ND*, Yang J*, Zhang X*, Zhao B*, Grad YH, Liu L, Ou X, Chang Z, Xia H, Zhou Y, Wang S, Dong J, Sun L, Zhu Y, Zhao Y, Jin Q, Fortune SM, Clinically prevalent mutations in Mycobacterium tuberculosis alter propionate metabolism and mediate multidrug tolerance. Nat Microbiol. 2018. 3(9): 1032-42.

近五年培養博士研究生5名(míng)，其中(zhōng)1人次獲得國(guó)家獎學(xué)金、1人次入選北京市優秀畢業生、3人次入選北京協和醫(yī)學(xué)院優秀畢業生。